PATHOGAZ : dénombrement des entérocoques dans les mafors
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PATHOGAZ : dénombrement des entérocoques dans les mafors

Comparaison de méthodes de dénombrement des entérocoques dans différents types de matières fertilisantes d'origine résiduaire (MAFOR)

Présentation

Cette étude a pour objectif de comparer la méthode Slanetz / BEA, couramment utilisée pour dénombrer les entérocoques dans les matières fertilisantes d'origine résiduaire (Mafors) au milieu Compass Enterococcus Agar et à la méthode "BEA direct". Les colonies présentes sur les milieux de culture, qu'elles soient caractéristiques ou non caractéristiques des entérocoques, ont été identifiées par la technique MALDI-TOF. Le milieu Compass Enterococcus Agar, testé sur des effluents d'élevage, s'est avéré moins sélectif que la méthode Slanetz / BEA. La sélectivité de la méthode "BEA direct", testée sur 21 Mafors diffère de celle de la méthode Slanetz / BEA. La proportion de faux négatifs est plus élevée sur le milieu BEA après repiquage des colonies sur le milieu de Slanetz (BEAsl) que sur le milieu ensemencé directement avec les Mafors (BEAd). Inversement, la proportion de faux positifs est plus faible sur le milieu BEAsl que sur le milieu BEAd, révélant que la méthode "BEA direct" est moins sélective que la méthode Slanetz / BEA. La présence de faux positifs dépend également de la matrice, la plus forte proportion de faux positifs (BEAsl et BEAd) et de faux négatifs (BEAsl) est obtenue sur les composts et l'engrais organique. La méthode "BEA direct" et la méthode Slanetz / BEA étant susceptibles de conduire respectivement à une surestimation et à une sous-estimation du nombre d'entérocoques, notamment pour les composts, il est difficile de recommander l'une des deux méthodes pour le dénombrement des entérocoques dans les Mafors. Il faut être prudent sur la définition des entérocoques intestinaux, notamment pour les composts ou les engrais organiques, matrices dans lesquelles sont également identifiés des entérocoques dont l'origine fécale est incertaine.
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Caractéristiques

Date de mise en ligne
13/06/2023
Type de document
Etude/Recherche
Nb. de pages
42 P
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Cette étude a pour objectif de comparer la méthode Slanetz / BEA, couramment utilisée pour dénombrer les entérocoques dans les matières fertilisantes d'origine résiduaire (Mafors) au milieu Compass Enterococcus Agar et à la méthode "BEA direct". Les colonies présentes sur les milieux de culture, qu'elles soient caractéristiques ou non caractéristiques des entérocoques, ont été identifiées par la technique MALDI-TOF. Le milieu Compass Enterococcus Agar, testé sur des effluents d'élevage, s'est avéré moins sélectif que la méthode Slanetz / BEA. La sélectivité de la méthode "BEA direct", testée sur 21 Mafors diffère de celle de la méthode Slanetz / BEA. La proportion de faux négatifs est plus élevée sur le milieu BEA après repiquage des colonies sur le milieu de Slanetz (BEAsl) que sur le milieu ensemencé directement avec les Mafors (BEAd). Inversement, la proportion de faux positifs est plus faible sur le milieu BEAsl que sur le milieu BEAd, révélant que la méthode "BEA direct" est moins sélective que la méthode Slanetz / BEA. La présence de faux positifs dépend également de la matrice, la plus forte proportion de faux positifs (BEAsl et BEAd) et de faux négatifs (BEAsl) est obtenue sur les composts et l'engrais organique. La méthode "BEA direct" et la méthode Slanetz / BEA étant susceptibles de conduire respectivement à une surestimation et à une sous-estimation du nombre d'entérocoques, notamment pour les composts, il est difficile de recommander l'une des deux méthodes pour le dénombrement des entérocoques dans les Mafors. Il faut être prudent sur la définition des entérocoques intestinaux, notamment pour les composts ou les engrais organiques, matrices dans lesquelles sont également identifiés des entérocoques dont l'origine fécale est incertaine.

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Caractéristiques
Auteurs
ADEME
INRAe
ANSES
Public(s)
Entreprises et fédérations professionnelles
Monde de la recherche
Agriculture et Forêt
Type de document
Etude/Recherche
Thématique
Economie circulaire et Déchets
Agriculture, alimentation, forêt, bioéconomie
Collection
Expertises
Date d'édition
04/2023
Date de mise en ligne
13/06/2023
Nb. de pages
42 P
Format
pdf/A4
Langue
Français
Périmètre de publication
National

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